Kayıp Malezya Uçağı birçok komplo teorisine da konu oldu. Bu teorilerden en dikkat çekeni uçağın uzaylılar tarafından ya da gizli servis üyeleri tarafından kaçırılmış olabileceği. Birçok uzman uçağın kaybolmasında sorumlunun kaptan pilot olduğunu söylüyor.